關于世界上曾經或曾經存在過多少種可可樹木（Theobroma spp），目前存在一些爭論。識別（和辯論）的公認變種包括可可樹ssp。可可（叫做克里奧洛（Criolo），在整個中美洲都有發現）；T.可可屬 sphaerocarpum（稱為弗拉斯特羅和北部亞馬遜河流域發現的）; 和兩者的混合稱為Trinitario。

       近的遺傳研究表明，所有形式的可可都是Forastero的簡單形式。如果屬實，可可起源于哥倫比亞和厄瓜多爾的上亞馬遜地區，并通過人工干預被帶到中美洲。人種學研究 北部亞馬遜地區的研究表明，可可的使用僅限于水果而不是豆類加工中產生的可可茶。

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       早使用巧克力

       早可可豆的使用證據位于亞馬遜盆地外，可追溯到公元前1900-1500年。研究人員使用質譜法對中美洲早的幾個碗內部的殘留物進行了質譜分析，并在墨西哥南部恰帕斯州Mokaya的Paso de la Amada的一個通勤室內發現了可可堿的證據。他們還從韋拉克魯斯的El Manati Olmec遺址（約公元前1650-1500年）發現了一個可可堿檢測呈陽性的碗。

       其他早期發現使用巧克力的考古遺址包括約公元前1150年在洪都拉斯的埃斯孔迪多港（Puerto Escondido）和公元前1000-400年之間的伯利茲伯爾（Colha）。

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       巧克力創新

       顯然，種植和養育可可樹木的創新是中美洲的發明。直到近，學者們還相信，由于瑪雅語“ kakaw”一詞起源于奧爾梅克語，奧爾梅克語一定是這種美味液體的祖先。然而，近在洪都拉斯埃斯孔迪多港的考古學研究表明，當洪都拉斯與Soconusco地區進行積極貿易時，可可馴化的初步驟發生在奧爾梅克文明興起之前。

       有早期巧克力馴化證據的考古遺址包括帕索·德拉·阿馬達（墨西哥），埃爾馬納蒂（墨西哥），埃斯孔迪多港（洪都拉斯），巴特蘇貝（伯利茲），南安提奇（危地馬拉），里奧阿祖爾（危地馬拉），科爾哈（伯利茲）。